atelier: ANALYSE DE SCANS IRM AU REPOS AVEC SEEBARS – Thomas Gisiger

Thomas Gisiger, associé de recherche au CRBLM, a développé le logiciel SeeBARS dédié à l’analyse de scans IRM au repos avec FSL et Matlab. Le CRBLM offre un atelier de 90 minutes sur les aspects théoriques de l’analyse de scans au repos, ainsi que sur l’installation et l’utilisation du logiciel SeeBARS.

Atelier
L’acquisition de scan IRM de sujets pendant qu’ils sont au repos est un outil de plus en plus utilisé pour étudier les fonctions, la connectivité et la plasticité cérébrales. Cependant, étant donné le faible rapport signal sur bruit des mesures extraites en utilisant le contraste BOLD (blood-oxygen-level dependent), et que ce genre d’expérience ne comporte pas de tâche qu’on pourrait utiliser comme régresseurs statistiques, les scans obtenus au repos doivent être analysés et interprétés différemment des signaux IRM fonctionnels standards. Plus particulièrement, le signal BOLD doit être filtré et nettoyé pour en retirer diverses composantes parasites, avant que des cartes statistiques illustrant les corrélations existant entre diverses régions cérébrales puissent être obtenues.

Pour faciliter l’exécution de ces tâches, le CRBLM a créé un logiciel d’analyse (SeeBARS) qui effectue automatiquement tous les calculs nécessaires à l’analyse de scans au repos par rapport à des régions cibles. Le programme peut être adapté à n’importe quel nombre de sujets, sessions et conditions, et produit des cartes de connectivité fonctionnelle pour chaque scan qui permettent ensuite d’extraire des moyennes de groupe ou des différences entre groupes.

SeeBARS est un script bash fonctionnant sur les ordinateurs Mac (UNIX) et PC (LINUX) où FSL (librairie gratuite d’analyse IRM) et Matlab (incluant la trousse d’outils d’analyse de signaux) sont installés. L’usager n’a besoin que d’une connaissance minimale de FSL, et aucune expérience avec Matlab, pour utiliser le logiciel pour ses analyses.

Quand: Lundi, 22 Aout, 10:00-11:30

Où: BRAMS – UdeM, 1430 boul. Mont-Royal, Outremont, QC H2V 4P3, salle 0-110

 

 

Inscription
L’atelier est gratuit et ouvert à tous. Les places sont limitées à 20 participants. Veuillez compléter le formulaire ci-après.